为促进中国医学科学技术进步，推动医疗卫生事业发展，经国家科技部批准，吴阶平医学基金会于2007年正式设立吴阶平医学奖。吴阶平医学奖是授予在我国医药卫生领域做出突出贡献、取得显著成就的医学专家。

吴阶平是中国共产党的优秀党员，新中国知识分子的杰出代表，著名的医学科学家、医学教育家、泌尿外科专家和社会活动家，九三学社的杰出领导人，第八届、第九届全国人民代表大会常务委员会副委员长，中国科学院、中国工程院资深院士。吴阶平院士以其卓越的医学和医学教育成就获得国内外医学界的广泛称赞和众多荣誉，是中国医学界的一面旗帜。吴阶平医学奖的评选和颁奖活动对于弘扬以吴阶平院士为代表的老一辈医学科学家的高尚品德和奉献精神，激励广大医务工作者努力攀登医学科技高峰，不断提高临床医疗服务和管理水平，为我国医疗卫生事业的发展将起到积极的促进作用。